شاید اولین مانعی که ما با آن مواجه می شویم این است که خود نظریه ولایت فقیه نیز «مذهبی» شده و به عنوان واژه ای اختلافی وارد عرصه ی درگیری های مذهبی شده است. به طوری که در مقابل «شوری» قرار گرفته است. یعنی ولایت فقیه، «نظریه شیعی» نظام حاکمیت است و شوری ، «نظریه ی سنی» نظام حاکمیت.