در مستند «اسلام در برابر اسلام» با تکیه بر دیدگاه های حضرت امام خمینی(ره) تفاوت های اسلام ناب و اسلام آمریکایی مورد بررسی موردی قرار گرفته و به تبیین رویکرد ایشان در جایگزینی دوگانه «اسلام ناب ـ اسلام آمریکایی» به جای دوگانه «شیعه ـ سنی» پرداخته می شود.